Den Screenreader-Nutzer stören einzelne Links im Text weniger. Manche Leute bringen aber die kunst fertig, vier Wörter hintereinander mit dem selben Link zu versehen. Das Klingt dann wie „Link hier – Link klicken, – link für – Link das – Link Bild“.. Eine solche Link-Häufung macht weder aus redaktionellen noch aus kognitiven Gründen viel Sinn. Die Leser verstehen nicht, ob hier vier verschiedene Sachen verlinkt werden oder nur eine. Hier dürfte auch das primäre Problem für Menschen mit Lernschwierigkeiten ligen.
Generell stellt sich für die letztere Gruppe die Frage, ob sie durch Links im Fließtext vom Inhalt des Textes abgelenkt werden. Dazu fehlen mir valide Daten, aber ich bin mir nicht sicher, ob unterstrichener blauer Text schlimmer sein kann als eine flackernde Flashanimation.

Aus Usability-Sicht würde ich eindeutig die Verlinkung im Text vorziehen. Zum Einen lässt sich hier eher kontextsensitiv verlinken. Zum Anderen ist eine Häufung von Links in Blöcken mitten im Text oder am Fuß des Textes ebenfalls eine kognitive Herausforderung. Nehmen wir an, wir hätten fünf Links die mit dem Text tatsächlich in Zusammenhang stehen: ich suche aber eine bestimmte Information, die mir im Text aufgefallen ist und die ich gerne weiter verfolgen möchte. Im schlimmsten Fall muss ich alle Links einmal durchklicken, um die gewünschte Information zu finden.
Die Wikipedia ist ein Beispiel dafür. Wenn ich mit einem Höllentempo mit dem Screenreader einen Artikel durchgehe, merke ich mir nicht die Nummer der Fußnote, wo Wikipedia seine Quellen ablegt. Entweder stoppe ich also die Lektüre, springe zur Fußnote, öffne den Link und kehre dann zu der Stelle zurück, wo ich die Lektüre des WP-Artikels abgebrochen habe. Ode ich lese den Artikel zu Ende, merke mir die Nummer der Fußnote und rufe dann den dahinter liegenden Link auf. Und wenn ich zwei oder drei Fußnoten verfolgen möchte?Wikipedia wird sicher seine Gründe haben, Quellen nicht im Fließtext zu verlinken, aus Usabilitysicht ist das eher ein großes Manko.
Ich persönlich kann mir wesentlich besser die Position eines Hyperlinks im Fließtext oder den Linktext merken als eine Nummer.
Bei redaktionellen Produkten ist die Debatte ohnehin obsolet, denn die verlinken nur auf Produkte des eigenen Hauses und selbst da nicht kontextsensitiv.

Fazit

Wo man von technik- oder web-affinen Lesern ausgehen kann, sind Links im Fließtext ein Muß. Man sollte es dabei auch nicht übertreiben und auf keinen Fall zwei Wörter hintereinander mit unterschiedlichen Zielen verlinken.
Im Nachrichtenbereich, wo ohnehin nur ein bis zwei Links auf Pressemitteilungen oder ähnliches gesetzt werden, kann der Link am Ende des Textes stehen. Eine Linkhäufung am Fuße des Textes ist nicht nur abschreckend, sie zeigt auch, dass der Autor sich keine Gedanken dazu gemacht hat, wie Informationen struktuiert präsentiert werden, Informationen und Verknüpfungen machen immer nur im größeren Zusammenhang einen Sinn.